完成了整體的實驗室建設，在確保人員、設備、環境、方法、試劑等消耗性材料、樣品等均符合要求后，實驗室還應該對檢測過程進行控制，確保影響檢測結果的因素全部受控。

實驗室檢測過程的控制，首先要嚴格依據有關標準、規范、作業指導書實施檢測。確保各項操作由授權人員依據文件規定執行。除此之外，實驗過程中，應采取一些措施，確保檢測結果的準確性和有效性。

以化學實驗室建設運行為例： 

（1） 空白 

試劑空白一般每制備批樣品或每20個樣品做一次，樣品的檢測結果應消除空白造成的影響。高于接受限的試劑空白表示與空白同時分析的這批樣品可能受到污染，檢測結果不能被接受。當經過實驗證明試劑空白處于穩定水平時，可適當減少空白試驗的頻次。當檢測方法對空白有具體規定時,應滿足方法要求。 

（2） 實驗室控制樣品 

實驗室控制樣品(LCS)可每制備批樣品或每20個樣品做一次。LCS應按通常遇到的基體和含量水平準備，其測定結果可建立質量控制圖進行分析評價。當經過LCS測試實驗證明檢測水平處于穩定和可控制狀態下，可適當減少LCS的測試頻率。 

（3） 加標 

應在分析樣品前加標，基體加標應至少每制備批樣品或每個基體類型或每20個樣品做一次，且添加物濃度水平應接近分析物濃度或在校準曲線中間范圍濃度內，加入的添加物總量不應顯著改變樣品基體。 

（4） 重復檢測 

重復樣品一般至少每制備批樣品或每個基體類型或每20個樣品做一次。當經過試驗表明檢測水平處于穩定和可控制狀態下，可適當地減少重復檢測頻率。